Narodowy Fundusz Zdrowia zastąpił wojewódzkie kasy chorych, funkcjonujące w latach 1997-2003, jako jeden centralny płatnik. Była to realizacja programu wyborczego SLD z 2001 roku. Ustawę o powszechnym ubezpieczeniu w Narodowym Funduszu Zdrowia przyjęto jeszcze w styczniu 2003 roku, jednak wymagała ona wielu poprawek w związku z zastrzeżeniami Trybunału Konstytucyjnego. Ostatecznie NFZ działa na podstawie ustawy z dnia 27 sierpnia 2004 roku o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, a także na podstawie statutu NFZ. Fundusz prowadzi również działalność informacyjną - przykładem jest raport o liczbie legalnie dokonanych aborcji w 2014 roku. NFZ ma szesnaście oddziałów wojewódzkich oraz centralę w Warszawie i delegatury. Prezesa Funduszu powołuje premier na wniosek ministra właściwego ds. zdrowia.

Finansowanie służby zdrowia jest piętą achillesową wszystkich kolejnych rządów - NFZ nie cieszy się zbyt dobrą opinią w społeczeństwie, a długie oczekiwanie na świadczenia (sięgające kilku lat) jest stałym problemem do rozwiązania. Wiele kontrowersji wzbudzają także programy refundacji leków. Z biegiem lat coraz większe ograniczenia w refundacji dotyczyły na przykład stomatologii. Rzecznik Praw Dziecka zaapelował do NFZ, by pochylił się nad coraz większym problemem próchnicy u dzieci.

Do zadań i celów działalności NFZ należą:

· finansowanie świadczeń zdrowotnych;

· analiza kosztów świadczeń opieki zdrowotnej, ewaluacja kosztów, opłacalności umów itp.;

· zawieranie umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej (plus dotyczące ich konkursy);

· programy zdrowotne - opracowywanie, wdrażanie, finansowanie i monitoring;

· promocja zdrowia;

· monitorowanie ordynacji lekarskich;

· prowadzenie Centralnego Wykazu Ubezpieczonych (z systemem eWUŚ);

· działalność wydawnicza i informacyjna;

· koordynacja i refundacja świadczeń udzielonych ubezpieczonym w Unii Europejskiej i krajach EFTA.

Od 3 czerwca 2014 roku stanowisko prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia zajmuje Tadeusz Jędrzejczyk.